MJさむらいの実験室

ＲＥＶＩＥＷの依頼が来た

なんだか知らないアメリカの組織からメールがきた。

なんだか赤色でいっぱい書いてあって重要そうなメールなのだが、この手のスパムメールもありうるので、ちょっと手をつけていなかったら、なんと、グラントの申請に関する本物のレビューの依頼だった。

おれ、英語でグラントの申請した事ないんだけど。。。

いきなりレビューからデビューかよ。

レビューしてもいいけど俺にも金くれ。

ていうか俺にレビューできるか？

このブログ重たすぎる

このブログを使っていろいろと更新して以降と試みていたのですが、
時間帯によってめちゃめちゃ重いのでサクサク更新できません。

ですので、このブログで更新していくことを断念しました。

もう少しサクサクできる方法を見つけなくては時間がもったいないのでちょっと他所を検討してみます。。

第一章　History and basic concepts

まず第一章は歴史と基礎概念か。

いろいろな生き物が発生学の研究に使われていて、あまりにも発生現象はさまざまなので学者は特定の生き物の特定の期間などに限定して発生現象を見る傾向にあるとかいてあるな。
まさにそのとおり。

その中でいろいろな生き物に共通のメカニズムとか見れたらいいんだろうけどねえ。
限りなく無限大に発生現象なんて存在するから、どんなものを研究対象にするか、何を研究すれば面白いのかはいろいろあるね。
人の病気とかに関係するものが重要だと思われがちだけど、僕なんかは自分が面白いと思う現象をみてみたい。
しかし、実際には論文にしないといけなかったりいろいろな制約があるから、自分が真から面白いと思った研究なんて早々できるもんじゃないけどねえ。
なんとかそういうところに近づいていきたいとは思います。

カエルの発生の図が乗っていて、時期によっていろいろな組織や器官が作られることなどが述べられている。
このあたりの基本的な単語をどこかにまとめてもいいかもしれんな。

生殖細胞と体細胞のことが書いてある。
遺伝する事を基本に考えると、動物の体は単に生殖細胞を運ぶためのものと考えられる。

おもしろいねえ。

鶏は卵が新たな卵をつくる唯一の方法

と表現した人がいるらしい。

デターミナント　決定因子という概念がでてくる。
これは、卵のなかにあらかじめ発生していく因子が存在していて、発生の方向性を決めているとかんがえるもの。モザイク卵などがこのモデルになる。

このことを実験的に証明したのが２細胞期にカエルの細胞を針で壊したもの。
片方は片方だけの幼生になった。モザイク的に発生したわけだ。

しかし、ウニの卵を２細胞期に２つにばらばらにしたところどちらも小さいけれども普通のウニに成長してしまった。この時に初めてregulation　調節というものがしめされた。

このあたりのところが発生を学ぶ上で難しいところでもあり、面白いところでもある。
実験の解釈が難しいのである。

これら２つの結果から疑問がわきまくる。

誘導
シュペーマンとマンゴールドが移植実験で誘導という現象を見つけた。
オーガナイザーという誘導源（日本語でなんていうんだろう）が見つかった。
これは、ある細胞が他の細胞に働きかけて発生をコントロールするというもの。
この時はまだ分子的な事はわかってなかったけど、いまじゃ誘導因子とかシグナルがわかってきている。

発生学はモデル生物で研究されてきた。
有名どころではゼノパス、ショウジョウバエ、線虫、ニワトリ、ねずみ、シロイナズナ、などがある。

変異によって発生に関わる遺伝子が発見された。
遺伝子に変異が入ることによって表現形に異常が出る事で発生に関わる遺伝子のスクリーニングができる。
それによって発生に関わる多くの遺伝子が見つかってきた。

対立遺伝子のことが書かれてる。
Ｂｒａｃｈｙｕｒｙのヘテロの変異だと尻尾が短くなるって知らんかったなあ。

Principles of Developmentを読んでみるか

このブログも放置していたのですが、よく考えると生物学の勉強の傍ら更新するブログによみがえらせればいいかなあと思い今日から更新していこうかなと。

そこで、最近発生生物学から離れた事をしているので、なかなか発生学に触れる機会がなかったりするので、ここらでまとめて基礎的な勉強をしてみるかなと思いたちました。

前の研究室にいたころ、一週間くらい合宿と称して飲み兼勉強会を行っていたのを思い出します。
あの頃のように教科書的な本をがんばって読んでみます。

何しろ、すべて解説するというわけにはいかないので、感想だけここに書いときますかね。

僕が図書館で借りてきたPrinciples of DevelopmentはThird　Edithionですね。

２００７年に出版されたのかな
結構新しいじゃん。
１３章まであります。
結構ぶ厚いです。
なのでさらっと読む事にしますわ。

なんだかよくわからんブログパーツを見つけたので試してみる

なんだかよくわからんブログパーツを見つけたので試してみる。

RiboClub

うちのボスがＲＮＡの学会に興味を持っていて去年から参加しています。

僕にはあまりなじみのない分野です。
でも研究している事は、ＲＮＡと言われればＲＮＡの事について研究しています。

で、今回９月にその学会で発表する事になりそうです。
というか、発表します。
ま、ポスターなのでそこまで大変ではないですが。
http://www.riboclub.org/cgi-bin/RiboWeb/index.pl

カナダのＳＨＥＲＢＲＯＯＫというところでありますが、ＲＮＡに関心のある方はぜひご参加ください。

日本人の方もオーラルで発表されるそうです。
慶応大学の
塩見晴彦という方です。
http://web.sc.itc.keio.ac.jp/dmb/sindex.html
サイエンスやらネーチャーやら論文がいっぱい出されているすごい人のようです。

内容が理解できるように少し勉強しとこうかな。

それより自分のアブストラクトを今日中に書かないといけなかった。

生物学の内容をまとめてみようかなと

ブログでだらだら書いていてもまとまりがないので、
何とかウィキを使ってやってみたいと常日頃から思っていたのですが、
FC2にWIKIのサービスがあることを知って、チョコチョコつついてそこでやることにしました。
最初は張りぼてみたいなものを作りますが、これからこつこつとやっていきます
できるだけ辞書みたいなものでないほうがいいかなと思っております。
最初は雑多なメモみたいになるかもしれませんが。。。
面白いと思うことをメモっていっていれば、５年後、１０年後になるか知れませんが、ちょっとづつ内容が充実してくると思います。
タイトルは「Biologyのエキス」としました。
http://biology.wiki.fc2.com/

自分の勉強にもなると思っております。
今後、研究関係のことはそちらにまとめて行きますわ。

いやあまいったまいった

ようやく失ったwindowsが復活しました。

結構長い道のりだった。

winsows自体はそれほど普及に時間はかからなかったのだが、ソフトがね。

アクセスキーが領収書に記載されていたらしいのだが、そんなもの受け取った記憶もないし、領収書は基本的に会計のほうにまわすから手元にない。

そこで、パソコンストアーのほうに行って問い合わせて、数日たってようやく過去の領収書を見つけてもらって解決。

いやあ長い道のりだった。

その間にちょっとだけubuntuについて勉強したが、やはりまだまだ使いづらい面があるね。

いきなりwindowsからの移行はやめたほうがいい。

ubuntuは上級者向けだ。

多分生半可な知識ではたちうちできない。

あそこのコミュニティーなどで行なわれている議論は理解できないので参考にもならない。

ただ、どうしても仕事上使いたいのでちょっとづつ勉強していくが、もし導入したいと考える人がいたら、デュアルかもしくはメインで使っていない必要なくなったパソコンに導入して試す事をおすすめする。

くれぐれも最初にインストールする時にパーティションを選択するように。
これはubuntuのインストール作業を行なう時にデフォルトでパーティションをきる作業に移行する。

間違っても僕のようにハードディスクの全領域を使うを選択してはいけない。

小慣れた環境はいつもキープしておく。

これ常識。

僕非常識。

今回学んだ事です。

windowsからの卒業

仕事がLINUXがどうしても必要。

今まではwindowsにCYGWINというのを導入していたのですが、これでは使えないものがまだまだある。

そこで、ubuntuというOSを導入。

この導入にはかなりいろいろとやらかしてしまったのですが、色々学ぶことも多かったです。

しかし、あらたにOSを導入するのはかなり大変でした。

これはパソコン素人には絶対に無理ですね。

ぼくもあまりパソコンに詳しくないので相当大変でした。

しかし、導入の壁さえクリアすればなんと快適か。

無料でここまでできるんだったら早くから試しておけばよかった。

実は自宅パソコンのwindowsが正規のものではないと表示される。

これが立ち上げる度に警告せれ、5秒またされるというじょうたい。

中古で買ったときに安いなあとは思っていたんだけど。

そのwindowsを完全にきりすてubuntuにしてみました。

導入で引っかかったところは２つ

ハードがおかしかった。

前回インストールした時は何の問題もなくできたのに、今回はかなり手間どった。

何度インストールしようとしても途中で失敗してしまう。

原因はUSBの電力が足りなかったようでUSBにつないでいたものをかたっぱしから外してやったらうまくできた。

次にインストール８２％事件。

インストールはネットにつないでいないとできないのだが、何かをネットにつないで調べるというところで止まる。
何もわからないが、とりあえずコマンドラインを表示させてkillと入力したら続きがインストールされた。

この壁を乗り越えたら何と快適なことか。

無料で普通に使うようなソフトはすぐに使えます。

windowsには怒りさえ覚えてきました。

お金を出しているのに、お金を出すことで不便にしている。

ソフトをインストールしたりするのにすべてプロテクトがかかっていてうまくいかない。

ちゃんとお金を払っているのにですよ。バンドルされたソフトをインストールするのにプロテクトされていて
何時間費やしているか。

それは、お金を払っていないのに不正に使う事をさせないためにプロテクト。

お金を出したユーザーがそのために、ミラーイメージがどうのこうのとなってインストールできないんだよ。
どうなってんの？

その点、ubuntuは全部無料なのでその辺の厄介な設定もなく快適です。
しかもバイオ関係のソフトやプログラムがいろいろころがっています。
早く導入すればよかったです。

これからちょっとづつwindowsから卒業していきます。

アカデミックな方々はubunutuを導入することをおすすめしますよ。
ほんとうに。

とりあえず過去のファイルはwindowsで書いてあるので、windowsとデュアルで使えばいいと思います。
僕みたいに間違えて上書きインストールしないでパーティションを切ってくださいね。
これは設定する時にまちがえなければいいだけです。
ウインドウズを導入してあるパソコンで簡単にできます。

ホームページの方で後日やりかたを説明します。
http://mushya.tyonmage.com/

エンハンサーだけでない

Switching of the core transcription machinery during myogenesis
Maria Divina E. Deato and Robert Tjian
Genes & Dev. 2007 21: 2137-2149

この論文は他の人がセミナーで紹介してくれた論文なんだけどなかなかおもしろかった。
この話は、筋肉特異的な遺伝子が発現するのに、実はどの細胞にでもあるような基本的な転写因子が切り替わっていると言う話。
遺伝子の制御はエンハンサーだけではないんだよな。
一部のエンハンサーだけで特異的な遺伝子の発現が制御されていると思ったら大間違い。
もしそう思っている人がいたらエンハンサーバカとでも呼びたい。
そういう人はこの論文を読みなさい。
多分理解できないと思うけど。