MJさむらいの実験室

最もクラスター数の多い順にＣＬＵＴＥＲ＿ＩＤナンバーをつけて吐き出します。


#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use POSIX;


#################################################
my ($fastafile) = @ARGV;
open FASTA, "<$fastafile";
my %hash=(); # initializes a hash

while (<FASTA>)
{
 if ($_ =~ /^>/)
 {

        my $header = $_;
        $header =~ s/\s//g;
        my $read_id = $_;
      
        $hash{$header}{name}=$read_id;
        my $line = <FASTA>; 
        $hash{$header}{sequence}= $line;
 }
}
close FASTA;
#################################################


my $counter = 0;

my $name = <STDIN>;

open (FASTANAME, $name);

while (my $name_cluster = <FASTANAME>)

{

$counter = $counter + 1;

if ($counter < 10)
{print "\nCLUSTER_ID_0000$counter\n"
}elsif ($counter < 100)
{print "\nCLUSTER_ID_000$counter\n"
}elsif ($counter < 1000)
{print "\nCLUSTER_ID_00$counter\n"
}elsif ($counter < 10000)
{print "\nCLUSTER_ID_0$counter\n"
}

my @filename = split (" ", $name_cluster);

my @count = @filename;
if (@count <= 1)
{
 exit;
}



my $header1 = ">$filename[0]";
  $header1 =~ s/\s//g;

if (exists $hash{"$header1"})
  {
            print "$hash{$header1}{name}";
        print "$hash{$header1}{sequence}";
 
 
}

}
close (FASTANAME);

ブラストクラストを実行するとクラスタリングされた遺伝子の名前だけが吐き出される。

各行にはクラスタリングされた遺伝子の名前がリストアップされる。

これらのうち一番左側に書かれている遺伝子がクラスタリングされた最も長い配列。

クラスタリングされた遺伝子のうち最も長い遺伝子名のみを抽出するプログラムを書いてみた。

以下プログラム

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use POSIX;

my $counter = 0;

my $name = <STDIN>;

open (FASTANAME, $name);

while (<FASTANAME>)
{

 my @filename = split( " ", $_);
 my @count = @filename;
if (@count <= 1)
{
 exit;
}
print ">$filename[0]\n";

}
close (FASTANAME);

無駄にたんすに眠っている服はありませんか。クローチェというシステムがそういう服を処分する事に一役買ってくれます。もう着なくなった服をたんすにしまっていても資源の無駄です。誰か着たい人にあげてしまったほうがいいのです。しかし、あげるにも身近な人にあげるには難しく、引き取り手を捜すのもなかなかたいへんです。そこでインターネット上でできる洋服交換がクローチェらしいです。面白いことを考える人はいるものですね。実質送料だけで服の交換ができるので、いらない洋服を出品してしまって家の中をかたずけてしまいましょう。家の中を片付けると幸運がまよいこんでくるらしいですよ。