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2018/12/19 02:20 |
いやあーまいったまいったホヤのニュータイプ
遺伝子をいじっていろいろとやってようやく完成!

と思っていたら使っていたユウレイボヤの遺伝子モデルが今日アップデートされたようだ。

http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/indexr1.html

まだデーターベースはダウンロードできないようだが、近々2006年バージョンでデーターを解析しなおさないかもしれない。

ちょっとショック!

だけど、うちの提供したシークエンスデーターも使っているはずなので5’端の精度が上がってよりよいモデルになっているはずだ。

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2008/01/17 01:07 | Comments(0) | TrackBack(0) | 遺伝子をいじったり、つついたり
ホヤのGOTERM
GENE ONTOLOGYの意味がちょっとづつ分りかけてきたので、いろいろつついてみる事にするが、

GENE ONTOLOGYのページをみていても

多くの遺伝子をいじる場合なにをしてよいのかようわからん。

ホヤの遺伝子を扱うのだから、ホヤの遺伝子をGOで分類しているようなものがあるはずだと

調べてみたら、JGIにありました。

ほやのGOです。

今までこのページをみてもピンとこなかったけど、なんとなく概念が分るな。

ちゃんと
BIOLOGICAL PROCESS

CELLULAR COMPONENT

MOLECULAR FUNCTION

の3つに分けられている。

他のOBSOLETEと書かれているものたちはうまくGOに当てはまらなかったものたちか、解析がおこなわれてないものたちなのかな。

この階層を手繰って行けばよいわけか。

自分の使いたい階層をしらべてみるか

2008/01/15 05:42 | Comments(0) | TrackBack(0) | 遺伝子をいじったり、つついたり
GOではどのような生物的領域がサポートされているか?
GOプロジェクトでは3つ。

molecular function
biological process
cellular component

の3つらしい。

他の生物学的なオントロジーはOBO web siteで議論されているようだ。

と言う事は、このわけ方で自分の考えている遺伝子たちが分類されなかったら余り意味がつかめないと言う事か。
ま、どんなものなのかもうちょっとのぞいてみないと分らんな。


参考
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ

2008/01/15 05:06 | Comments(0) | TrackBack(0) | 遺伝子をいじったり、つついたり

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