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2018/04/26 02:53 |
ブラストクラスト
ブラストクラスとを使う時のメモ

DNA配列をクラスタリングする時の例
blastclust -i filename.txt -p F -S 95 -L 0.7 -o outfilename.txt -e F

-i filename.txt 入力ファイル名(FASTAファイル)

-p F タンパク質かそうでないか。T=タンパク質 F=DNA (これは忘れがち。デフォルトでタンパク質になっている。)

-S thresholdのスコア。3以上だと% 3以下だとscore/length

-L thresholdの長さ。アライメントされる配列はどれくらいの長さが必要か。

-e フォーマットが必要か。これをFにしないとうまくいかない?

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2007/11/17 03:47 | Comments(1) | TrackBack(0) | パールプログラム(Perl)

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コメント

べっ、べつにあんたなんかに興味は無いんだからね!(人・ω・)♪ http://gffz.biz/index.html
posted by 名無しat 2011/12/12 05:25 [ コメントを修正する ]

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