MJさむらいの実験室

遺伝子をいじっていろいろとやってようやく完成！

と思っていたら使っていたユウレイボヤの遺伝子モデルが今日アップデートされたようだ。

http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/indexr1.html

まだデーターベースはダウンロードできないようだが、近々２００６年バージョンでデーターを解析しなおさないかもしれない。

ちょっとショック！

だけど、うちの提供したシークエンスデーターも使っているはずなので５’端の精度が上がってよりよいモデルになっているはずだ。

ＧＥＮＥ　ＯＮＴＯＬＯＧＹの意味がちょっとづつ分りかけてきたので、いろいろつついてみる事にするが、

ＧＥＮＥ　ＯＮＴＯＬＯＧＹのページをみていても

多くの遺伝子をいじる場合なにをしてよいのかようわからん。

ホヤの遺伝子を扱うのだから、ホヤの遺伝子をＧＯで分類しているようなものがあるはずだと

調べてみたら、ＪＧＩにありました。

ほやのＧＯです。

今までこのページをみてもピンとこなかったけど、なんとなく概念が分るな。

ちゃんと
ＢＩＯＬＯＧＩＣＡＬ　ＰＲＯＣＥＳＳ

ＣＥＬＬＵＬＡＲ　ＣＯＭＰＯＮＥＮＴ

ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ　ＦＵＮＣＴＩＯＮ

の３つに分けられている。

他のＯＢＳＯＬＥＴＥと書かれているものたちはうまくＧＯに当てはまらなかったものたちか、解析がおこなわれてないものたちなのかな。

この階層を手繰って行けばよいわけか。

自分の使いたい階層をしらべてみるか

ＧＯプロジェクトでは３つ。

molecular function
biological process
cellular component

の３つらしい。

他の生物学的なオントロジーはOBO web siteで議論されているようだ。

と言う事は、このわけ方で自分の考えている遺伝子たちが分類されなかったら余り意味がつかめないと言う事か。
ま、どんなものなのかもうちょっとのぞいてみないと分らんな。


参考
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ