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2017/09/26 14:26 |
FASTAの数を数える。
パールじゃないけど

UNIXのコマンドでFASTAフォーマットのファイル中にあるシークエンスの数を数える
grep -c というコマンドを使うと数を数える事ができる。
FASTAフォーマットは各シークエンスに>で名前がついているので、
'>'の数を数えればそのファイルの中にいくつ'>'があるかわかる。

grep -c '>' filename

’ ’の中身を変えれば別の言葉を数える事ができる。

たとえば’No hits found’とやるとblastの結果からヒットしなかった遺伝子の数を数える事ができる。
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2007/11/17 02:15 | Comments(0) | TrackBack(0) | パールプログラム(Perl)

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