MJさむらいの実験室

先ほど書いた
リボソーマルプロテインは一行に何塩基もあってみずらいので、
ちゃんとしたFASTAファイルにする必要がある。
そこで、Perlでプログラムを書いて整える。

手作業で７９個の遺伝子を８０行に揃えるのは大変。
一つの遺伝子が５行だとしても４００行リターンを押さないといけない。
パールなら簡単。

以下がそのプログラムファイル。
使い方はまた今度説明するかも。

以下そのプログラム

############################################################################
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use POSIX;

# -------------------------------------------------------------- #
# MJsamurai
# @McGill, 2007
# Oyaji
# -------------------------------------------------------------- #


my $counter = 0;


########################### enter the fastafile to hash.

my ($fastafile) = @ARGV;
open FASTA, "<$fastafile";

###########################

while (<FASTA>)
{
 if ($_ =~ /^>/)
 {
        my $header = $_;
        my $line = <FASTA>;

    $counter = $counter + 1;
       
        print "$header";
        print_sequence($line, 80);
 }
}
close FASTA;

print "$counter fasta sequences are here\n";


################# sub print_FASTA sequence ##################

sub print_sequence
{
      my($sequence, $length) = @_;


 # Print sequence in lines of $length
for ( my $pos = 0 ; $pos < length($sequence) ; $pos += $length )
   {
     print substr($sequence, $pos, $length), "\n";
   }
}

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