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2018/01/20 21:46 |
Gene Ontology とはなにか?
The Gene Ontology の概念が分りにくいので
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
に書いてあることをよく読んでみる。

習うより慣れろ。

GOだらけの文章を読む事からはじめる。

GOプロジェクトとは異なったデーターベースから一貫した記載要求の呼びかけである。

意味がよくわかりませんが、いろんなデーターベースがばらばらに言葉を使っていたらまとまらないけど、それを一致する言葉に統一していこうとしているのでしょうか。

GOでは生物種に非依存的に3つの構造、遺伝産物に関する生物学的過程細胞内容物分子機能を記載する管理された語彙(Ontologies)を使って発展する。

まずは大きく3つにわけるんだな。

このプロジェクトには3つの特徴がある。

1、オントロジーそれ自体を書き、維持する。
2、貢献するデーターベース同士の遺伝子と遺伝子産物、オントロジーをクロスリンクさせる。
3、オントロジーを使う、維持する、創造するツールを発展させる。

なかなかいい心構えだ。

協力するデーターべすがGO term をつかうことで一定のクエリーがそれらにクロスすることを促進する。
コントロールされた語彙が構成されているので、異なるレベルで問う事ができる。
例えば、シグナルトランスダクションをふくむマウスのゲノムの中にある遺伝子産物をすべて見つける事ができる。また、すべてのチロシンキナーゼレセプターに照準を合わせることもできる。この構造はアノテーターに異なるレベル、もしくはどれくらい遺伝子産物について知られているかと言う事によって特徴を割り当てることができるようにしている。

まあ、時々概念が分らない言葉がたくさん出てくるが、要するに異なるレベルで異なるGO TERMなるものを割り当てて、それらが異なるデーターベース同士でお互いにリンクすると言う事だろう。
しかし、具体的な利用をしないとどういう風に使えるかわからんな。
前にも書いたように一つの遺伝子に対してその分っている特徴を知るには便利だと言う事は分る。
自分のやりたいような使い方ができるかどうかはまだなぞだ。
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2008/01/15 04:02 | Comments(0) | TrackBack(0) | 未選択

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