なぜＧＯが必要なのか？
それはぜひ知りたい。
生物学者は意味のある問いを知るためにいろいろなところからデーターを調べる。
例えば、もし、抗細菌にかんするあたらしいターゲットをさがしているなら、細菌のタンパク質合成に含まれている遺伝子産物を見つけたいかもしれない。しかし、それらはぜんぜん人間のものとは違う。しかし、それらを一つのデーターベースが”翻訳”に関わる分子として記載しており、一方他のデーターベースが”タンパク質合成”に関わる分子として記載しているなら、それはあなたにとって同等な機能をもつＴＥＲＭとして使うのが難しい。そして、コンピューターではさらに難しい。
そうか、具体的な例が出てきたのでだんだん概念が分るところが増えてきたが、一つの意味としては、ばらばらの言葉を使って分類していたら扱うのが難しいので、ＴＥＲＭを統一しようというのだな。
ＧＯＴＥＲＭを知らずに適当に分類していたら標準から逸脱してしまって、分りにくいものになってしまうのか。
いちいち訳さないが、
ＴＥＲＭの階層などの分類の仕方は注意深くやってくれているらしいので、標準として使っていけばいい。
コンピューターが使いやすいようにしているらしい。
このあたりは、コンピューターを使っているバイオインフォマジシャンなどは重宝すというか、必要なことなのだろうな。
参考ページ
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
それはぜひ知りたい。
生物学者は意味のある問いを知るためにいろいろなところからデーターを調べる。
例えば、もし、抗細菌にかんするあたらしいターゲットをさがしているなら、細菌のタンパク質合成に含まれている遺伝子産物を見つけたいかもしれない。しかし、それらはぜんぜん人間のものとは違う。しかし、それらを一つのデーターベースが”翻訳”に関わる分子として記載しており、一方他のデーターベースが”タンパク質合成”に関わる分子として記載しているなら、それはあなたにとって同等な機能をもつＴＥＲＭとして使うのが難しい。そして、コンピューターではさらに難しい。
そうか、具体的な例が出てきたのでだんだん概念が分るところが増えてきたが、一つの意味としては、ばらばらの言葉を使って分類していたら扱うのが難しいので、ＴＥＲＭを統一しようというのだな。
ＧＯＴＥＲＭを知らずに適当に分類していたら標準から逸脱してしまって、分りにくいものになってしまうのか。
いちいち訳さないが、
ＴＥＲＭの階層などの分類の仕方は注意深くやってくれているらしいので、標準として使っていけばいい。
コンピューターが使いやすいようにしているらしい。
このあたりは、コンピューターを使っているバイオインフォマジシャンなどは重宝すというか、必要なことなのだろうな。
参考ページ
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
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Ontologyとは何ぞや？
オントロジーとは関係する語彙の特異化だそうだ。
言い換えれば、オントロジーは辞書でみるような定義されて並べられたＴＥＲＭのセットである。
しかし、ＴＥＲＭはお互いに階級的な関係づけがなされている。
ＴＥＲＭは特徴的な領域、ドメイン、に使われれるものに限られているようである。そして、ＧＯの場合のＴＥＲＭは生物学的なものである。
約すのは難しいなあ。
とにかく、オントロジーと言うのは辞書みたいなもので、言葉を定義した一連のセットで、それらをあらわすＴＥＲＭというもの達には階級付けがなされているらしい。
階級付けという新しい概念がでてきたぞ。
それでＧＯのあらわし方はあんなフォルダみたいになっているのか。
参考ページ
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
オントロジーとは関係する語彙の特異化だそうだ。
言い換えれば、オントロジーは辞書でみるような定義されて並べられたＴＥＲＭのセットである。
しかし、ＴＥＲＭはお互いに階級的な関係づけがなされている。
ＴＥＲＭは特徴的な領域、ドメイン、に使われれるものに限られているようである。そして、ＧＯの場合のＴＥＲＭは生物学的なものである。
約すのは難しいなあ。
とにかく、オントロジーと言うのは辞書みたいなもので、言葉を定義した一連のセットで、それらをあらわすＴＥＲＭというもの達には階級付けがなされているらしい。
階級付けという新しい概念がでてきたぞ。
それでＧＯのあらわし方はあんなフォルダみたいになっているのか。
参考ページ
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
久々にこのブログを更新します。
ＭＪさむらいです。
このページがマニアックなワードを拾ってきてグーグルランクで２までのページなっているのであまり手抜きは良くないので研究に関する話題をここにたまには書いておこうと思います。
ちなみに一番良く拾われた言葉はヒゲを抜くだったりします。
鼻毛を抜くと言うワードをここに太字で入れておくと、鼻毛を抜くと言うワードでたくさんの方が訪れてくれるかもしれません。
多分こんなあほな事を書いているとランクが下がってしまいます。というか人間としての品格が下がってしまいます。というかもう品格は無いといってよいかもしれません。
大量にホヤの遺伝子の配列を持っているんだけれど、その解析がだいぶ進んできた。
ＳＬトランススプライシングの意味する面白そうな事がちょっとづつ自分の頭の中で沸いてきているんだけれども、それをデーターとして理屈入りで分りやすく示すには骨が折れる。
いまやっと出てきたデーターの中から遺伝子を３００個×２の機能的に分けたい。
手作業で一つ一つ調べていくのは無理だ。
サッとできないものかと。
そこで、
The Gene Ontology
と言うものがあると言ううわさを聞く。
The Gene Ontologyとは遺伝子にいろいろな言葉Termをつけて、その遺伝子の意味を様々な角度から知る事ができるという事をまとめるというプロジェクトだ。
一つの遺伝子についてはその遺伝子を検索すればその遺伝子の特徴をいみする言葉がたくさんでてくるので、いろいろな特徴をすぐに調べる事ができるので問題はない。
ＡｍｉＧＯと言うところに言ってブラストサーチでもすればその遺伝子の今までに分っている特徴がすぐにわかるはず。
ところが僕のように大量の遺伝子をもってうろちょろしている人には一般的な使い方ではだめだ。
それらの一群の遺伝子がどういうカテゴリーになっているのかを知りたいわけだ。
というか、むしろこちらがそれら一群の遺伝子に対する新しい情報を持っているのでそれを付加することができるのだが、それら一群の遺伝子がどういう意味を持っているのかと言うのを調べて論文に書きたいのだ。
そういう解析をするにはもうちょっと詳しく勉強をして見る必要がある。
で、まだ勉強してないのでこれから勉強していきます。
すごく便利な事が分ったらもちろん秘密です。
ＭＪさむらいです。
このページがマニアックなワードを拾ってきてグーグルランクで２までのページなっているのであまり手抜きは良くないので研究に関する話題をここにたまには書いておこうと思います。
ちなみに一番良く拾われた言葉はヒゲを抜くだったりします。
鼻毛を抜くと言うワードをここに太字で入れておくと、鼻毛を抜くと言うワードでたくさんの方が訪れてくれるかもしれません。
多分こんなあほな事を書いているとランクが下がってしまいます。というか人間としての品格が下がってしまいます。というかもう品格は無いといってよいかもしれません。
大量にホヤの遺伝子の配列を持っているんだけれど、その解析がだいぶ進んできた。
ＳＬトランススプライシングの意味する面白そうな事がちょっとづつ自分の頭の中で沸いてきているんだけれども、それをデーターとして理屈入りで分りやすく示すには骨が折れる。
いまやっと出てきたデーターの中から遺伝子を３００個×２の機能的に分けたい。
手作業で一つ一つ調べていくのは無理だ。
サッとできないものかと。
そこで、
The Gene Ontology
と言うものがあると言ううわさを聞く。
The Gene Ontologyとは遺伝子にいろいろな言葉Termをつけて、その遺伝子の意味を様々な角度から知る事ができるという事をまとめるというプロジェクトだ。
一つの遺伝子についてはその遺伝子を検索すればその遺伝子の特徴をいみする言葉がたくさんでてくるので、いろいろな特徴をすぐに調べる事ができるので問題はない。
ＡｍｉＧＯと言うところに言ってブラストサーチでもすればその遺伝子の今までに分っている特徴がすぐにわかるはず。
ところが僕のように大量の遺伝子をもってうろちょろしている人には一般的な使い方ではだめだ。
それらの一群の遺伝子がどういうカテゴリーになっているのかを知りたいわけだ。
というか、むしろこちらがそれら一群の遺伝子に対する新しい情報を持っているのでそれを付加することができるのだが、それら一群の遺伝子がどういう意味を持っているのかと言うのを調べて論文に書きたいのだ。
そういう解析をするにはもうちょっと詳しく勉強をして見る必要がある。
で、まだ勉強してないのでこれから勉強していきます。
すごく便利な事が分ったらもちろん秘密です。
