MJさむらいの実験室

Spliced-Leader trans-Splicing in Freshwater Planarians
Ricardo M. Zayas,1 Tyler D. Bold,1 and Phillip A. Newmark
Molecular Biology and Evolution 22 (10): 2048. (2005)

なんだプラナリアでももうＳＬトランススプライシングは見つかってたんだな。
flatwormだもんな。
この論文前に読んだけどすっかり忘れていた。
プラナリアのＳＬＲＮＡは２種類あるらしい。

プラナリアで大量にトランススプライシングを受けた遺伝子を読むことは可能だな。
しかし、プラナリアのゲノムはどこまで読まれてるんだろう。

Spliced Leader RNA–Mediated trans-Splicing in Phylum Rotifera
Natalia N. Pouchkina-Stantcheva and Alan Tunnacliffe
Molecular Biology and Evolution

ＲＯＴＩＦＥＲ（ワムシ）でトランススプライシングが見つかったという論文。
ＳＬトランススプライシングが見つかっている動物は、進化的にどういう関係があるのか興味深い。
進化の過程で失われているのか、ある一部の生き物で得られたのか。

この論文で面白い事が書かれていた。
イネのＥＳＴ解析のシークエンスデーターの中に、ワムシのトランススプライシングの配列が見つかるらしい。

つまり、ワムシのＥＳＴ配列がイネのＥＳＴデーターの中に混じっていたらしい。

最後に実際にシークエンスされたデータです。
左からＴＣＡＧと順番に塩基がかけられていっています。縦は塩基の数を示します。
Ｔ、Ｃ、Ａ、２個Ｇ、６個Ｔ、２個Ａ、Ｃ、２個Ａという風にこのシークエンサーが読み取っていっているのがわかります。
ですので塩基はＴＣＡＧＧＴＴＴＴＴＴＡＡＣＡＡという風になります。

右は考えられ利点などを僕が考えてみたものです。

たくさんのシークエンスが一度のランでたくさん得られる。ランの時間もたったの４時間です。

シークエンスできる長さに換算すると従来のシークエンスに比べてとても安くなります。

９９％の正確性です。サンガー法に比べて劣りますが、使えるレベルです。ホモポリマーのシークエンスは苦手なので少し正確性が落ちているのでしょう。

クローニングの作業がいらないのはとても楽です。３０００００のクローニングするのはいやです。

断片のどちらの端からシークエンスが始まるかわかりませんし、ブツブツに切ったＤＮＡ断片のミックスをサンプルに使うわけですから何が読まれるのかわからない。全部読んじゃえということでしょうか。

ホモポリマーのシークエンスが弱い。極端にホモポリマーが多い配列は気をつけましょう。サンガー法で補輪ないといけないと思います。

各ＲＥＡＤＳは短い。これはゲノムをアッセンブルするには障害になります。なので、ゲノムサイズが大きい生き物のゲノムを全部読むというには使いづらいようです。

参考
Margulies et al., 2005, Ｎａｔｕｒｅ, 437, 376-380
http://www.454.com/index.asp