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2017/12/11 18:15 |
454シークエンスの説明5
454ex5.jpg




最後に実際にシークエンスされたデータです。
左からTCAGと順番に塩基がかけられていっています。縦は塩基の数を示します。
T、C、A、2個G、6個T、2個A、C、2個Aという風にこのシークエンサーが読み取っていっているのがわかります。
ですので塩基はTCAGGTTTTTTAACAAという風になります。

右は考えられ利点などを僕が考えてみたものです。

たくさんのシークエンスが一度のランでたくさん得られる。ランの時間もたったの4時間です。

シークエンスできる長さに換算すると従来のシークエンスに比べてとても安くなります。

99%の正確性です。サンガー法に比べて劣りますが、使えるレベルです。ホモポリマーのシークエンスは苦手なので少し正確性が落ちているのでしょう。

クローニングの作業がいらないのはとても楽です。300000のクローニングするのはいやです。

断片のどちらの端からシークエンスが始まるかわかりませんし、ブツブツに切ったDNA断片のミックスをサンプルに使うわけですから何が読まれるのかわからない。全部読んじゃえということでしょうか。

ホモポリマーのシークエンスが弱い。極端にホモポリマーが多い配列は気をつけましょう。サンガー法で補輪ないといけないと思います。

各READSは短い。これはゲノムをアッセンブルするには障害になります。なので、ゲノムサイズが大きい生き物のゲノムを全部読むというには使いづらいようです。

参考
Margulies et al., 2005, Nature, 437, 376-380
http://www.454.com/index.asp
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2007/08/13 23:59 | Comments(0) | TrackBack(0) | 何かの簡単な説明

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