MJさむらいの実験室

今日は長いクリスマス期間をはさんで久しぶりにセミナーの当番が回ってきた。

そこで、自分の最近の成果を発表した。

成果といってもコンピューターをいじって今まで出たデーターの解析をしている状況だ。

１１月頃ようやく共同研究者との間で話が煮詰まってきて、今後論文のデーターとして扱えるデーターセットを渡された。これをつかってパールのプログラムを書いたりして、思いついた解析をしていくのだが、これがなかなか時間がかかる。
うまくやらないといくらやってもきりがない。
実験と一緒だな。
でも、煮詰めれば煮詰めるほど面白い事がわかってくる。


シークエンスで得たデーターはそれ自体は何の意味も持たない塊なのだが、これを意味ある、より面白い解釈にしていくわけだ。

ただ、何が新しいのか？

と問われた時に一定以上の信頼のあるデーター解析と、理論が伴わないといけない。

そこらあたりがむずかしい。

ま、今日はそれなりに自分なりの解析と解釈をみんなに話してみた。

面白いとは言ってもらえたのだが、まあまだ最後のつめはできていない気がする。

特に英語で説明する際にはいろいろ説明が足りなかったり、てんやわんやだったな。

来週はフロアーのジャーナルクラブでしゃべらないといけないのでプレッシャーがかかるなあ。

まだ何を紹介するかも決めてない。

やばい。

しゃべる練習もしないといけない。

時間が無い。

こんな事書いている場合じゃなかった。

あまり今研究している事を論文にするまえからべらべらと書くことができないので、このブログの更新も微妙な話題のみを提供しています。
そのうち、ホームページのほうで今までの研究について一般の人にもわかりやすく説明してい口と思っておりませすのでお待ちください。

今日は自分の研究している内容を追っていったらrapamycinというものにぶち当たりました。
これは癌を特異的に破壊するらしいのです。

なぜこのラパマイシンというものが癌を破壊するか。

それはタンパク質の翻訳を抑えるものをターゲットにするかららしいのです。

グーグルで検索してみたら４万件もヒットしたので有名な薬のようですね。

なんでがん細胞を特異的に破壊するんだろう。

がん細胞は翻訳の制御が異常に活性化されているからラパマイシンがそれを抑制することになるのか。

自分の研究は基礎の基礎なので癌をなくすという方向性ではないが関連していたらおもしろそうだな。

パールを使ってテキストを少しいじってから解析しているのだが、ちょっと理由が分らず困っていた事があった。

プログラミングは慣れていないので本当に頭がいたい。

しかし、ちょっと調べてみたい。と言う時にバイオインフォマジシャンに頼むわけにもいかない部分も多い。

個々の問題は誰かに聞いて解決すると言うものでもないときもある。

たぶんプログラミングが本職の人だったらわけもなくやってしまうのだろうけど、
フォーマットが違うデーターベースを扱う時に時々つまづいてしまう。

今回、ＪＧＩのデーターを使って解析しようとしたら、フォーマットが異なっていた。

データーがタブではなく｜で区切られていたのだ。

これのせいでうまく自分の調べたい名前が拾えない。
なんでだろ。
タブだとsplitとう命令で分割できるのに、｜は分割できない。

しかし、ＵＮＩＸのコマンドを使ってうまく処理できた。

と言うか無理やり処理した。

CUTと言うコマンド。

ＣＵＴ　－Ｃ　９－　ファイル名　＞　アウトプット名
とやると各行の９文字目以降から書き出してくれる。
つまり、９文字より前をＣＵＴしてくれる。

まあいまだに｜のsplitの仕方は分らないのだが、ＣＵＴでいらないところを削って無理やり使いました。