忍者ブログ
[PR]
×

[PR]上記の広告は3ヶ月以上新規記事投稿のないブログに表示されています。新しい記事を書く事で広告が消えます。


2017/10/23 22:33 |
ファスタネームから遺伝子配列を抽出するプログラム
ファスタのデーターベースから
抽出したい遺伝子のファスタファイル(fasta file)を抽出するプログラム。

必要なもの、
抽出したい遺伝子名が一行に一遺伝子づつ書かれたファイル。
ファスタ形式のデーターベース(塩基配列は一行で書かれているもの。)

プログラムここから。
#------------------------------------------
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use POSIX;

# enter the fastafile to hash.
my ($fastafile) = @ARGV;
open FASTA, "<$fastafile";
my %hash=(); # initializes a hash
while (<FASTA>)
{
 if ($_ =~ /^>/)
 {
        my $header = $_;
        $header =~ s/\s//g;
        my $read_id = $_;
      
        $hash{$header}{name}=$read_id;
        my $line = <FASTA>; 
        $hash{$header}{sequence}= $line;
 }
}
close FASTA;
########################## extract by fasta_name
my $counter = 0;
my $name = <STDIN>;
open (FASTANAME, $name);
################################################
while (<FASTANAME>)
{
  my $filename =  $_;
  $filename =~ s/\s//g;
my $header = $filename;
if (exists $hash{"$header"})
  {
    $counter = $counter + 1;
            print "$hash{$header}{name}";
        print_sequence($hash{$header}{sequence}, 80);
  }
}
close (FASTANAME);
print "$counter fasta sequences are here\n";


################# sub print_FASTA sequence #####

sub print_sequence
{
      my($sequence, $length) = @_;
  # Print sequence in lines of $length
for ( my $pos = 0 ; $pos < length($sequence) ; $pos += $length )
   {
     print substr($sequence, $pos, $length), "\n";
   }
}

#--------------------------------------

ここまで
PR

2007/08/16 03:57 | Comments(0) | TrackBack(0) | パールプログラム(Perl)

トラックバック

トラックバックURL:

コメント

コメントを投稿する






Vodafone絵文字 i-mode絵文字 Ezweb絵文字 (絵文字)



<<プライシングリーダーの3’端についているATG配列 | HOME | プリン ピリミジン>>
サンカラショッピングモール / ダイエット / ビューティー・美容 / 布団・寝具 / 日用品・雑貨 / 家電製品 / 健康・ヘルスケア / 食べ物 / 飲み物 / アクセサリー / 時計 / ファッション / ブランド / ペット用品 / コスプレ / もしもの人気商品100選 / 新着さんから100 / 送料無料ショップ / もちもちロール / 送料無料ショップ / emsダイエット / ホットシャワー3 /
忍者ブログ[PR]