MJさむらいの実験室

ファスタのデーターベースから
抽出したい遺伝子のファスタファイル（fasta file)を抽出するプログラム。

必要なもの、
抽出したい遺伝子名が一行に一遺伝子づつ書かれたファイル。
ファスタ形式のデーターベース（塩基配列は一行で書かれているもの。）

プログラムここから。
#------------------------------------------
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use POSIX;

# enter the fastafile to hash.
my ($fastafile) = @ARGV;
open FASTA, "<$fastafile";
my %hash=(); # initializes a hash
while (<FASTA>)
{
 if ($_ =~ /^>/)
 {
        my $header = $_;
        $header =~ s/\s//g;
        my $read_id = $_;
      
        $hash{$header}{name}=$read_id;
        my $line = <FASTA>; 
        $hash{$header}{sequence}= $line;
 }
}
close FASTA;
########################## extract by fasta_name
my $counter = 0;
my $name = <STDIN>;
open (FASTANAME, $name);
################################################
while (<FASTANAME>)
{
  my $filename =  $_;
  $filename =~ s/\s//g;
my $header = $filename;
if (exists $hash{"$header"})
  {
    $counter = $counter + 1;
            print "$hash{$header}{name}";
        print_sequence($hash{$header}{sequence}, 80);
  }
}
close (FASTANAME);
print "$counter fasta sequences are here\n";


################# sub print_FASTA sequence #####

sub print_sequence
{
      my($sequence, $length) = @_;
  # Print sequence in lines of $length
for ( my $pos = 0 ; $pos < length($sequence) ; $pos += $length )
   {
     print substr($sequence, $pos, $length), "\n";
   }
}

#--------------------------------------
ここまで