MJさむらいの実験室

今日は長いクリスマス期間をはさんで久しぶりにセミナーの当番が回ってきた。

そこで、自分の最近の成果を発表した。

成果といってもコンピューターをいじって今まで出たデーターの解析をしている状況だ。

１１月頃ようやく共同研究者との間で話が煮詰まってきて、今後論文のデーターとして扱えるデーターセットを渡された。これをつかってパールのプログラムを書いたりして、思いついた解析をしていくのだが、これがなかなか時間がかかる。
うまくやらないといくらやってもきりがない。
実験と一緒だな。
でも、煮詰めれば煮詰めるほど面白い事がわかってくる。


シークエンスで得たデーターはそれ自体は何の意味も持たない塊なのだが、これを意味ある、より面白い解釈にしていくわけだ。

ただ、何が新しいのか？

と問われた時に一定以上の信頼のあるデーター解析と、理論が伴わないといけない。

そこらあたりがむずかしい。

ま、今日はそれなりに自分なりの解析と解釈をみんなに話してみた。

面白いとは言ってもらえたのだが、まあまだ最後のつめはできていない気がする。

特に英語で説明する際にはいろいろ説明が足りなかったり、てんやわんやだったな。

来週はフロアーのジャーナルクラブでしゃべらないといけないのでプレッシャーがかかるなあ。

まだ何を紹介するかも決めてない。

やばい。

しゃべる練習もしないといけない。

時間が無い。

こんな事書いている場合じゃなかった。

Ｔｈｅ　Ｇｅｎｅ　Ｏｎｔｏｌｏｇｙ　の概念が分りにくいので
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
に書いてあることをよく読んでみる。

習うより慣れろ。

ＧＯだらけの文章を読む事からはじめる。

ＧＯプロジェクトとは異なったデーターベースから一貫した記載要求の呼びかけである。

意味がよくわかりませんが、いろんなデーターベースがばらばらに言葉を使っていたらまとまらないけど、それを一致する言葉に統一していこうとしているのでしょうか。

ＧＯでは生物種に非依存的に３つの構造、遺伝産物に関する生物学的過程、細胞内容物、分子機能を記載する管理された語彙（Ontologies)を使って発展する。

まずは大きく３つにわけるんだな。

このプロジェクトには３つの特徴がある。

１、オントロジーそれ自体を書き、維持する。
２、貢献するデーターベース同士の遺伝子と遺伝子産物、オントロジーをクロスリンクさせる。
３、オントロジーを使う、維持する、創造するツールを発展させる。

なかなかいい心構えだ。

協力するデーターべすがGO term をつかうことで一定のクエリーがそれらにクロスすることを促進する。
コントロールされた語彙が構成されているので、異なるレベルで問う事ができる。
例えば、シグナルトランスダクションをふくむマウスのゲノムの中にある遺伝子産物をすべて見つける事ができる。また、すべてのチロシンキナーゼレセプターに照準を合わせることもできる。この構造はアノテーターに異なるレベル、もしくはどれくらい遺伝子産物について知られているかと言う事によって特徴を割り当てることができるようにしている。

まあ、時々概念が分らない言葉がたくさん出てくるが、要するに異なるレベルで異なるＧＯ　ＴＥＲＭなるものを割り当てて、それらが異なるデーターベース同士でお互いにリンクすると言う事だろう。
しかし、具体的な利用をしないとどういう風に使えるかわからんな。
前にも書いたように一つの遺伝子に対してその分っている特徴を知るには便利だと言う事は分る。
自分のやりたいような使い方ができるかどうかはまだなぞだ。

カナダ人にもちを食べさせたらひどく面白がっていた。
なかなか面白い食感なのだろう。
日本の食べ物は本当においしいと思う。
食べ物は日本が一番だな。

ところでもちをのどに詰まらせて死ぬ人が年に数人いると言う話をしたら

爆笑されてしまった。

不謹慎だが、悪気はない。

食べ物で死を招くと言う事が信じられないのだろう。

そういう食べ物、日本には他にもあった。

ふぐ。

あんな危険なものを食べるか？

命がけでおいしい食べ物を追求している日本人。

すごいなあ。