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2017/09/26 14:34 |
トランススプライシングとオペロンのプロセシングをコントロールする線虫のシークエンス
RNA. 2007 Sep;13(9):1409-26. Epub 2007 Jul 13.

C. elegans sequences that control trans-splicing and operon pre-mRNA processing.


この論文は線虫のオペロン遺伝子間の配列をバイオインフォマティックに解析して、重要と思われる配列を解析している。

バイオインフォマティックで解析している部分はまったく持って理解不能。

よって分るところだけメモしとく。

線虫にはSL1とSL2という二つのSLRNAがある。
(ほやには一つしかない。)
SL2は主にオペロンの下流の遺伝子のトランススプライシングを行う。
SL1はどこでもいい。

オペロンの遺伝子間のプロセシングが行われるには以下の因子が必要。

CPSF Cleavage Polyadenylation Specificity

CstF Cleavage stimulation factor

SL2 snRNP   SL2 small nuclear ribonuclear protein

Ur element


U-rich element

PAS (AAUAAA)  poly adenylation signal

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++


Common SL2 (operon) processing model
普通のオペロン遺伝子間のプロセシング。

SL1SL2.jpg











Common SL1 processing model
SL1だけのトランススプライシング。
今回の解析でOuエレメントという保存された配列が初めて見つかった。OuエレメントはUrエレメントに似ているので同じ起源の配列である事がしさされる。しかし、UrエレメントにはCstfが必要。

sl1.jpg











Large separation operon processing model
オペロン遺伝子間の距離が長い場合、SL1とSL2のトランススプライシングが競合すると考えられる。
この図のほかにも、内部プロモーターが働いて、別々に転写されている事も考えられる。
sl1vsSl2.jpg



















SL1-TYPE Operon processing model
オペロン遺伝子間のスペースがないタイプのプロセシング。
ホヤのオペロンの大部分ははこのタイプらしいのでなんて書かれているか興味深い。
ポリA付加かトランススプライシングの競合が起こる。
ポリAが先に付加されると下流遺伝子のトランススプライシングは起こりえない。
下流のトランススプライシングが先に起こると、上流の遺伝子は分解されるか、ポリA付加される。
ただし、上流の遺伝子がポリA付加されるには、SLトランススプライシングによってふかされたブランチが取り除かれなければならない。
SL1typeoperon.jpg




















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2007/10/17 04:00 | Comments(0) | TrackBack(1) | 論文から

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svirtokilo blog| 2007/10/28 21:59

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