MJさむらいの実験室

RNA. 2007 Sep;13(9):1409-26. Epub 2007 Jul 13.

C. elegans sequences that control trans-splicing and operon pre-mRNA processing.

Graber JH, Salisbury J, Hutchins LN, Blumenthal T.

この論文は線虫のオペロン遺伝子間の配列をバイオインフォマティックに解析して、重要と思われる配列を解析している。

バイオインフォマティックで解析している部分はまったく持って理解不能。

よって分るところだけメモしとく。

線虫にはＳＬ１とＳＬ２という二つのＳＬＲＮＡがある。
（ほやには一つしかない。）
ＳＬ２は主にオペロンの下流の遺伝子のトランススプライシングを行う。
ＳＬ１はどこでもいい。

オペロンの遺伝子間のプロセシングが行われるには以下の因子が必要。

ＣＰＳＦ　Cleavage Polyadenylation Specificity

CstF Cleavage stimulation factor

SL2 snRNP   SL2 small nuclear ribonuclear protein

Ur element

U-rich element

PAS (AAUAAA)  poly adenylation signal

＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋


Common SL2 (operon) processing model
普通のオペロン遺伝子間のプロセシング。













Ｃｏｍｍｏｎ　ＳＬ１　ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ　ｍｏｄｅｌ
ＳＬ１だけのトランススプライシング。
今回の解析でOuエレメントという保存された配列が初めて見つかった。OuエレメントはUrエレメントに似ているので同じ起源の配列である事がしさされる。しかし、UrエレメントにはCstfが必要。













Large separation operon processing model
オペロン遺伝子間の距離が長い場合、ＳＬ１とＳＬ２のトランススプライシングが競合すると考えられる。
この図のほかにも、内部プロモーターが働いて、別々に転写されている事も考えられる。




















ＳＬ１－ＴＹＰＥ　Operon processing model
オペロン遺伝子間のスペースがないタイプのプロセシング。
ホヤのオペロンの大部分ははこのタイプらしいのでなんて書かれているか興味深い。
ポリＡ付加かトランススプライシングの競合が起こる。
ポリＡが先に付加されると下流遺伝子のトランススプライシングは起こりえない。
下流のトランススプライシングが先に起こると、上流の遺伝子は分解されるか、ポリＡ付加される。
ただし、上流の遺伝子がポリＡ付加されるには、ＳＬトランススプライシングによってふかされたブランチが取り除かれなければならない。