忍者ブログ
[PR]
×

[PR]上記の広告は3ヶ月以上新規記事投稿のないブログに表示されています。新しい記事を書く事で広告が消えます。


2017/09/26 14:23 |
2つのプロモーターシステム(線虫)
A two-promoter system of gene expression in C.elegans
Jaebok Choi, Anna P. Newman
Developmental Biology 296 (2006) 537-544

複数のSLアクセプターサイトを持つ遺伝子は、それぞれ独立したプロモーターによって起きているのではないかという仮説の基に調べられた論文。

この文を読んで何の事かわかる人はよっぽどSLトランススプライシングのことをご存知だと思いますが、
SLトランススプライシングマニアでない人はぜんぜんわかりませんね。

SLトランススプライシングはシススプライシングと同じ仕組みで起きていると考えられています。
なので、シススプライシングのアクセプターサイト、すなわちエクソンの5'端がSLトランススプライシングのために利用される可能性があるわけです。でも、普段はシススプライシングのほうがトランススプライシングよりも強いので、トランススプライシングが起こらず、シススプライシングが起こるわけです。

ところが、遺伝子の途中の内部イントロンから転写が開始するとどうなるでしょうか。
エクソンの5'端がシススプライシングのドナーを失うのでトランススプライシングが起こってしまうわけです。
つまり、2つ目のプロモーターがもし、内部イントロンから転写を開始していれば、新たなSLトランススプライシングのアクセプターサイトとなって短い遺伝子ができてしまうわけです。

詳しくは論文のFIG.1を見るとわかりやすいです。

この論文では238個の複数SLアクセプターを持つ遺伝子があり、そのうちの12個の遺伝子は
制御の異なるプロモーターが存在する事をいっている。

この論文は内部のプロモーターを予測した初めての論文らしい。

238個の遺伝子の特徴はイントロンが平均より長い傾向にある。
2つ目のプロモーターが入る余地が高いことをしめしているのか。
しかし、全体平均に比べてそれほど違いがあるのかそんなにクリアーでない。

1stエクソンが短い傾向にある。
これも全体平均に比べてクリアーではない。

驚いた事に子の論文は結局何の実験もせずに、解析と理屈のみで話が終わっている。
複数のプロモーターが制御しているという理屈は僕も大いに賛同するのだが、
予測だけでもいいものなのか?

バイオインフォマジックだな。

僕の考えとと一致していて興味を持って読んでみたのだが、解析だけでその解析も微妙な結果というのでちょっと残念。
PR

2007/08/15 07:26 | Comments(0) | TrackBack(0) | 論文から

トラックバック

トラックバックURL:

コメント

コメントを投稿する






Vodafone絵文字 i-mode絵文字 Ezweb絵文字 (絵文字)



<<ほやをぐりぐりまわそう! | HOME | TEC-RED>>
サンカラショッピングモール / ダイエット / ビューティー・美容 / 布団・寝具 / 日用品・雑貨 / 家電製品 / 健康・ヘルスケア / 食べ物 / 飲み物 / アクセサリー / 時計 / ファッション / ブランド / ペット用品 / コスプレ / もしもの人気商品100選 / 新着さんから100 / 送料無料ショップ / もちもちロール / 送料無料ショップ / emsダイエット / ホットシャワー3 /
忍者ブログ[PR]