MJさむらいの実験室

Spliced Leader RNA–Mediated trans-Splicing in Phylum Rotifera
Natalia N. Pouchkina-Stantcheva and Alan Tunnacliffe
Molecular Biology and Evolution

ＲＯＴＩＦＥＲ（ワムシ）でトランススプライシングが見つかったという論文。
ＳＬトランススプライシングが見つかっている動物は、進化的にどういう関係があるのか興味深い。
進化の過程で失われているのか、ある一部の生き物で得られたのか。

この論文で面白い事が書かれていた。
イネのＥＳＴ解析のシークエンスデーターの中に、ワムシのトランススプライシングの配列が見つかるらしい。

つまり、ワムシのＥＳＴ配列がイネのＥＳＴデーターの中に混じっていたらしい。

Conversion of a trans-spliced C.elegans gene into a conventional gene by introduction of a splice donor site
Richard Conrad, Ruey Fen Liou and Thomas Blumenthal
The EMBO Journal vol.12 no.3 1249-1255, 1993

ＳＬトランススプライシングの５'上流にエクソンのドナーサイトを挿入すると、
ＳＬトランススプライシングがシススプライシングに変わるのかという事を調べている論文。

しかし、なんとも読みにくい。
図が書いてあるのだが、その図をフォローするのがかなり難しい。
こういう論文はなんとも眠くなってしまうのだが、自分が行おうとしている実験と似ているので
何とかすべての実験をフォローしておかなくては。

また、最近のトランススプライシングに関する自分のアイデアが本当に正しいかどうか、
という視点から
この論文の実験の結果を解釈してみたい。


アウトロン（outron)にシススプライシングのドナーサイトを挿入した。
その結果、ＳＬトランススプライシングの代わりにシススプラシングが誘導できたというのが主な実験結果。

SLトランススプライシングはシススプライシングと同じメカニズムで起きているだろうということを示唆している。

その際、すべてのｍRNAがシススプライシングされたわけではなくて、ＳＬトランススプライシングも同時に起きてしまった。しかし、より、トランススプライシングのアクセプターサイトの近くにドナーサイトを挿入したほうが効率よくシススプライシングが起きた。

なぜこのようなことがおきるのか、ぼくの考えている理屈に当てはめて考えると納得がいく解釈ができる。
が、この論文の中では良い解釈が見つかっていないようだ。

この後の実験で、イントロンの長さが関係しているのではないかと考えて、
イントロンの部分を長くしたらどうなるかと言うことを試している。
しかし、長くしても人工的なシスプライシングの効率は変わらないと言う結果にがでて、その後の解釈に苦労している。

Functional analysis of a C.elegans trans-splice acceptor
Richard Conrad, Ruey Fen Liou and Thomas Blumenthal
Nucleic Acids Research, 1993, 21, 913-919

これも、今の実験計画に関連して読んでみた。
ちゃんとよんでないけど。

つまるところ、ＳＬトランススプライシングに必要なＡＧサイトをつぶしたらどうなるのかという事をしらべている。

ＡＧサイトはＳＬトランススプライシングのアクセプターサイト（つまりドナーのＳＬが結合するところ）に絶対必要なサイトである。
このサイトをつぶすと、ＳＬトランススプライシングはどうなるのだろうか。

つぶしてみると、その場所では起こらないが、近いＡＧサイトで起こってしまうようだ。

それを、cryptic acceptor site と呼んでいる。

また、ＡＵリッチな配列が
上流にあるとそこが好まれてアクセプターサイトして使われるらしい。