MJさむらいの実験室

Annu Rev Biochem. 2007;76:51-74. Links

The nonsense-mediated decay RNA surveillance pathway.

Chang YF, Imam JS, Wilkinson MF.

いろいろＳＬの論文とかも読んでみたけど、みんなに紹介するほど面白い論文がなかった。

そこで、今回は自分に今一番興味があるNonsense-mediated decayに関するレビューを選択する事にした。

レビューをこういうセミナーで紹介するのはなかなか難しい。

という事は重々承知なのだが、チャレンジしてみた。

レビューはやはり知識重視で書かれているので、いろいろなタンパク質の名前が出てくるのだが、
そういうことはかなり省略して、メカニズムを中心に自分の理解の範囲で紹介。

nonsense-mediated decayに関する研究をしている研究室ではないので
基本的なメカニズムやnonsense-mediated decayの意味みたいなところで議論が白熱。

ちょっと時間が無くて準備不足だったかなという感じで不安だった今日のセミナーだったが、
結構議論できて楽しかった。

意外に議論が面白くなったのはなぜなのか、自分なりに考えてみたが、
自分の興味がある事について選んだので、自分の中でも問題意識があったから
自分の興味に沿った説明ができたのかなと思った。

しかし、まだまだ知識不足の側面が多い。
知らない事がいっぱいあるのでまだまだ勉強せないかんなあ。
こういう論文を読むと、考えずに信じるだけになってしまうので
知識の詰め込み見たいになるのが嫌なのだが、まずは知るという事も必要だな。
まだまだ知らないといけない事がいっぱいある。

Gene. 2005 Oct 10;359:99-110. Links

Analysis of full length ADAMTS6 transcript reveals alternative splicing and a role for the 5' untranslated region in translational control.

Bevitt DJ, Li Z, Lindrop JL, Barker MD, Clarke MP, McKie N.

明日、セミナーの当番なので何本かの論文のなかから選んでいるのだが、まずは一本目にちょっと読んでみたこれ。
自分の興味のあることと関係するので題名に釣られて読んでみたが、最終的には自分の解析しようとしている方法と的が違っていたので却下。

Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Feb 13;104(7):2035-42. Epub 2007 Jan 31.  Links

mRNA maturation by two-step trans-splicing/polyadenylation processing in trypanosomes.

Jäger AV, De Gaudenzi JG, Cassola A, D'Orso I, Frasch AC.

トリパノソームの転写はすべてのｍＲＮＡがポリシストロニックに起こるらしい。

ポリシストロニックとは一度に遺伝子がが複数転写される。

その後、ＳＬトランススプライシングによって分断される事で、個々の成熟ｍＲＮＡになる。

しかし、ほんとかなあと疑っている。

だって、発現のレベルの調節が転写の段階で行われてないという事になるわけだ。

プロモーターやエンハンサーで調節する必要がないわけだ。


でもってこの論文のアブストでは、

トリパノソームタンパクの合成を転写後に調節していると書いてある。

数十から数百の関係ない遺伝子がクラスターをなしているらしい。



結果

安定した２つの遺伝子が連なった転写産物がみつかった。

ノーザンブロットでＵＢＰ１とＵＢＰ２が同じ大きさのバンドを認識する事を調べて確認している。

アクチノマイシンＤで転写阻害をした後に分解される時間を測定

ＵＢＰ１とＵＢＰ２は５時間。普通の転写産物と同等かそれ以上安定していた。