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Mol Biochem Parasitol. 2006 Dec;150(2):132-43. Epub 2006 Jul 31.
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RNAi interference of XPO1 and Sm genes and their effect on the spliced leader RNA in Trypanosoma brucei.
トリパノソーマの論文を斜め読み。
この論文はＲＮＡiでＸＰＯ１とＳｍの遺伝子をノックダウンするとＳＬ ＲＮＡがどうなるかというものを調べたもの。
ＸＰＯ１というのはｍＲＮＡとＵ ｓｎＲＮＡｓの核から細胞質への輸送に関わる遺伝子。
Ｓｍが枯渇すると、欠陥を持ったＳＬＲＮＡが細胞質に移動する前に核に蓄積した。
蓄積したＳＬＲＮＡはトランススプライシングに使われないため、半減期が伸びる。
（アクチノマイシンＤで転写阻害実験で）
ＸＰＯＩはＳＬＲＮＡの輸送には関係なかった。
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昨日読んだ論文の指摘した欠陥部分はもう少し複雑なようだった。
ここでは複雑すぎるので書かないが、
ボスとディスカッションをしてさらによく理解できたところもあり、
なかなかおもしろかった。
しかし、オペロンが遺伝子重複しにくいのはプロモーターのせいではないかという仮説は
この論文の結果からディスカッションで否定されていた。
それは、オペロン内の上流の遺伝子も下流の遺伝子も同じように遺伝子重複の頻度が少ないからだ。
やはり、遺伝子重複がプロモーターとは関係ないとうのはあっている。
なぜ、オペロンの重複がすくないのかは以前なぞだが、
この論文ではディスカッションにごちゃごちゃと書いてある。
そもそも遺伝子重複がどのように起こるのかのメカニズムがよくわからない。
進化との兼ね合いも考えると超複雑なので、今のところこれ以上は考えないほうが精神衛生上いいだろう、
と思う。
ここでは複雑すぎるので書かないが、
ボスとディスカッションをしてさらによく理解できたところもあり、
なかなかおもしろかった。
しかし、オペロンが遺伝子重複しにくいのはプロモーターのせいではないかという仮説は
この論文の結果からディスカッションで否定されていた。
それは、オペロン内の上流の遺伝子も下流の遺伝子も同じように遺伝子重複の頻度が少ないからだ。
やはり、遺伝子重複がプロモーターとは関係ないとうのはあっている。
なぜ、オペロンの重複がすくないのかは以前なぞだが、
この論文ではディスカッションにごちゃごちゃと書いてある。
そもそも遺伝子重複がどのように起こるのかのメカニズムがよくわからない。
進化との兼ね合いも考えると超複雑なので、今のところこれ以上は考えないほうが精神衛生上いいだろう、
と思う。
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J Mol Evol. 2006 Jun;62(6):765-71. Epub 2006 Apr 28.
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On the paucity of duplicated genes in Caenorhabditis elegans operons.
次に斜め読みするのはこの論文。
線虫の遺伝子重複がオペロン内の遺伝子とそうでない遺伝子で違うのか違わないのかという話。
えらい込み入った話だが、発想としてはおもしろい。
線虫の１５％の遺伝子はオペロンにあるらしい。
その遺伝子が遺伝子重複がどれほど起きているか調べた。
すると、オペロン以外の遺伝子よりも重複している頻度が少なかったらしい。
オペロン遺伝子では下流の遺伝子がプロモーターを持ってないので、
それが分断されてしまうと困る。
それで、遺伝子重複が起こりにくくなっているというのが仮説。
遺伝子重複が起きた時期、重複の仕方、などを調べていくと仮説が正しいようなデーターがえられたそうだ。
内容としてはバイオインフォマティックスしかしてないな。
表しかない。
こういう論文は発想力で勝負なんだろうな。
解析結果も仮説どうりだったようだ。
こういう解析は結構勉強しないとできそうにもない。
それなりに評価されてもいいと思う。
しかし、こういう解析の仕方で危険なのは意外な結果がでた時には解釈不能。
解釈が不能という事はデーターとして扱えない。
つまり解釈できる事しか解析できないというのが危険だな。
疑問に思ったのが、なぜ遺伝子重複するのにプロモーターが壊れてはいけないのだろう。
この論文の重大な落ち度に気づいてしまった！
もともとオペロンだったが単独の遺伝子になってしまった場合が考慮されていない。
つまり、オペロン内の遺伝子は遺伝子重複が邪魔されているのではなくて、
遺伝子重複した遺伝子はオペロンから離脱しているということはないのだろうか。
