MJさむらいの実験室

ブラストクラスとを使う時のメモ

DNA配列をクラスタリングする時の例
blastclust -i filename.txt -p F -S 95 -L 0.7 -o outfilename.txt -e F

-i filename.txt　入力ファイル名（ＦＡＳＴＡファイル）

-p F タンパク質かそうでないか。Ｔ＝タンパク質　Ｆ＝ＤＮＡ　（これは忘れがち。デフォルトでタンパク質になっている。）

-S thresholdのスコア。３以上だと％　３以下だとscore/length

-L thresholdの長さ。アライメントされる配列はどれくらいの長さが必要か。

-e フォーマットが必要か。これをＦにしないとうまくいかない？

パールじゃないけど

ＵＮＩＸのコマンドでＦＡＳＴＡフォーマットのファイル中にあるシークエンスの数を数える
grep -c というコマンドを使うと数を数える事ができる。
ＦＡＳＴＡフォーマットは各シークエンスに＞で名前がついているので、
'＞'の数を数えればそのファイルの中にいくつ'＞'があるかわかる。

grep -c '>' filename

’　’の中身を変えれば別の言葉を数える事ができる。

たとえば’No hits found’とやるとblastの結果からヒットしなかった遺伝子の数を数える事ができる。

１１月１５日は坂本龍馬の誕生日であり、暗殺された日である。

僕は坂本龍馬にあこがれて高知に住んだ事もあるくらいのファンだ。

彼のことを知ったのは竜馬がゆくという本がきっかけだった。

この本には竜馬の魅力がぎっしり詰まっていて、
ついでに大嫌いだった歴史も好きになった。

彼の物事の本質を考えた行動や、日本の社会に残した功績は大きい。

坂本龍馬が死んだのは僕よりも若い３３歳の時。

３３歳であれだけの事をするなんてすごいなあと改めて感じた。

彼は幕府に対抗できるように薩長同盟を結ばせて、その後薩長と幕府の内戦が起きないように大政奉還をさせるように働いた。

一見矛盾するような彼の行動だが、日本が内戦によって他国からつけいれられないようにするために行ったのだ。

この行動には日本全体を考えるという視野の広さと、その後誰かに憎まれてしまうかもしれないがやってのけるという度胸のよさがある。

おそらく彼は「暗殺されてしまうかもしれない」という事は感じていたと思う。

命をかけて日本を守ったのだと思う。

しかい、最後は同じ日本人から理解されずに暗殺されたというのが悲しい。