MJさむらいの実験室

The Flatworm Spliced Leader 3'-Terminal AUG as a Translation Initiator Methionine
Guofeng Cheng, Leah Cohen, David Ndegwa, and Richard E. Davis
(2006) J. Biol. Chem. 281, 733-743

フラットワームのスプライシングリーダーの３’端についているＡＴＧがｍＲＮＡの翻訳にどう影響するかという論文。

いろいろと実験をしていていい論文だと思いますが、

フラットワームのＡＴＧはすべてのｍＲＮＡで翻訳に使われているわけではないようだ。

２８％がメジャーな翻訳産物のインフレームらしい。
（インフレームでないＡＴＧは翻訳の邪魔をしないのだろうか）

そのうちのいくつかが翻訳開始に重要らしい。

僕の感想としては、５’ＵＴＲのＡＴＧが必ずしも翻訳開始点にならなかったりするんだ。
（コザック配列などがあったりするともっと確実に翻訳開始点になるのだろうが。）
とか、他の生き物ではＡＴＧがスプライシングリーダー配列になかったりする事を考えると、
フラットワームのこの例は特殊なケースなのかなと思った。

ファスタのデーターベースから
抽出したい遺伝子のファスタファイル（fasta file)を抽出するプログラム。

必要なもの、
抽出したい遺伝子名が一行に一遺伝子づつ書かれたファイル。
ファスタ形式のデーターベース（塩基配列は一行で書かれているもの。）

プログラムここから。
#------------------------------------------
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use POSIX;

# enter the fastafile to hash.
my ($fastafile) = @ARGV;
open FASTA, "<$fastafile";
my %hash=(); # initializes a hash
while (<FASTA>)
{
 if ($_ =~ /^>/)
 {
        my $header = $_;
        $header =~ s/\s//g;
        my $read_id = $_;
      
        $hash{$header}{name}=$read_id;
        my $line = <FASTA>; 
        $hash{$header}{sequence}= $line;
 }
}
close FASTA;
########################## extract by fasta_name
my $counter = 0;
my $name = <STDIN>;
open (FASTANAME, $name);
################################################
while (<FASTANAME>)
{
  my $filename =  $_;
  $filename =~ s/\s//g;
my $header = $filename;
if (exists $hash{"$header"})
  {
    $counter = $counter + 1;
            print "$hash{$header}{name}";
        print_sequence($hash{$header}{sequence}, 80);
  }
}
close (FASTANAME);
print "$counter fasta sequences are here\n";


################# sub print_FASTA sequence #####

sub print_sequence
{
      my($sequence, $length) = @_;
  # Print sequence in lines of $length
for ( my $pos = 0 ; $pos < length($sequence) ; $pos += $length )
   {
     print substr($sequence, $pos, $length), "\n";
   }
}

#--------------------------------------
ここまで

ＤＮＡ塩基の

アデニンＡとグアニンＧがプリン塩基

チミンＴとシトシンＣがピリミジン塩基