なぜＧＯが必要なのか？
それはぜひ知りたい。
生物学者は意味のある問いを知るためにいろいろなところからデーターを調べる。
例えば、もし、抗細菌にかんするあたらしいターゲットをさがしているなら、細菌のタンパク質合成に含まれている遺伝子産物を見つけたいかもしれない。しかし、それらはぜんぜん人間のものとは違う。しかし、それらを一つのデーターベースが”翻訳”に関わる分子として記載しており、一方他のデーターベースが”タンパク質合成”に関わる分子として記載しているなら、それはあなたにとって同等な機能をもつＴＥＲＭとして使うのが難しい。そして、コンピューターではさらに難しい。
そうか、具体的な例が出てきたのでだんだん概念が分るところが増えてきたが、一つの意味としては、ばらばらの言葉を使って分類していたら扱うのが難しいので、ＴＥＲＭを統一しようというのだな。
ＧＯＴＥＲＭを知らずに適当に分類していたら標準から逸脱してしまって、分りにくいものになってしまうのか。
いちいち訳さないが、
ＴＥＲＭの階層などの分類の仕方は注意深くやってくれているらしいので、標準として使っていけばいい。
コンピューターが使いやすいようにしているらしい。
このあたりは、コンピューターを使っているバイオインフォマジシャンなどは重宝すというか、必要なことなのだろうな。
参考ページ
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
それはぜひ知りたい。
生物学者は意味のある問いを知るためにいろいろなところからデーターを調べる。
例えば、もし、抗細菌にかんするあたらしいターゲットをさがしているなら、細菌のタンパク質合成に含まれている遺伝子産物を見つけたいかもしれない。しかし、それらはぜんぜん人間のものとは違う。しかし、それらを一つのデーターベースが”翻訳”に関わる分子として記載しており、一方他のデーターベースが”タンパク質合成”に関わる分子として記載しているなら、それはあなたにとって同等な機能をもつＴＥＲＭとして使うのが難しい。そして、コンピューターではさらに難しい。
そうか、具体的な例が出てきたのでだんだん概念が分るところが増えてきたが、一つの意味としては、ばらばらの言葉を使って分類していたら扱うのが難しいので、ＴＥＲＭを統一しようというのだな。
ＧＯＴＥＲＭを知らずに適当に分類していたら標準から逸脱してしまって、分りにくいものになってしまうのか。
いちいち訳さないが、
ＴＥＲＭの階層などの分類の仕方は注意深くやってくれているらしいので、標準として使っていけばいい。
コンピューターが使いやすいようにしているらしい。
このあたりは、コンピューターを使っているバイオインフォマジシャンなどは重宝すというか、必要なことなのだろうな。
参考ページ
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
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Ontologyとは何ぞや？
オントロジーとは関係する語彙の特異化だそうだ。
言い換えれば、オントロジーは辞書でみるような定義されて並べられたＴＥＲＭのセットである。
しかし、ＴＥＲＭはお互いに階級的な関係づけがなされている。
ＴＥＲＭは特徴的な領域、ドメイン、に使われれるものに限られているようである。そして、ＧＯの場合のＴＥＲＭは生物学的なものである。
約すのは難しいなあ。
とにかく、オントロジーと言うのは辞書みたいなもので、言葉を定義した一連のセットで、それらをあらわすＴＥＲＭというもの達には階級付けがなされているらしい。
階級付けという新しい概念がでてきたぞ。
それでＧＯのあらわし方はあんなフォルダみたいになっているのか。
参考ページ
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
オントロジーとは関係する語彙の特異化だそうだ。
言い換えれば、オントロジーは辞書でみるような定義されて並べられたＴＥＲＭのセットである。
しかし、ＴＥＲＭはお互いに階級的な関係づけがなされている。
ＴＥＲＭは特徴的な領域、ドメイン、に使われれるものに限られているようである。そして、ＧＯの場合のＴＥＲＭは生物学的なものである。
約すのは難しいなあ。
とにかく、オントロジーと言うのは辞書みたいなもので、言葉を定義した一連のセットで、それらをあらわすＴＥＲＭというもの達には階級付けがなされているらしい。
階級付けという新しい概念がでてきたぞ。
それでＧＯのあらわし方はあんなフォルダみたいになっているのか。
参考ページ
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
Ｔｈｅ Ｇｅｎｅ Ｏｎｔｏｌｏｇｙ の概念が分りにくいので
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
に書いてあることをよく読んでみる。
習うより慣れろ。
ＧＯだらけの文章を読む事からはじめる。
ＧＯプロジェクトとは異なったデーターベースから一貫した記載要求の呼びかけである。
意味がよくわかりませんが、いろんなデーターベースがばらばらに言葉を使っていたらまとまらないけど、それを一致する言葉に統一していこうとしているのでしょうか。
ＧＯでは生物種に非依存的に３つの構造、遺伝産物に関する生物学的過程、細胞内容物、分子機能を記載する管理された語彙（Ontologies)を使って発展する。
まずは大きく３つにわけるんだな。
このプロジェクトには３つの特徴がある。
１、オントロジーそれ自体を書き、維持する。
２、貢献するデーターベース同士の遺伝子と遺伝子産物、オントロジーをクロスリンクさせる。
３、オントロジーを使う、維持する、創造するツールを発展させる。
なかなかいい心構えだ。
協力するデーターべすがGO term をつかうことで一定のクエリーがそれらにクロスすることを促進する。
コントロールされた語彙が構成されているので、異なるレベルで問う事ができる。
例えば、シグナルトランスダクションをふくむマウスのゲノムの中にある遺伝子産物をすべて見つける事ができる。また、すべてのチロシンキナーゼレセプターに照準を合わせることもできる。この構造はアノテーターに異なるレベル、もしくはどれくらい遺伝子産物について知られているかと言う事によって特徴を割り当てることができるようにしている。
まあ、時々概念が分らない言葉がたくさん出てくるが、要するに異なるレベルで異なるＧＯ ＴＥＲＭなるものを割り当てて、それらが異なるデーターベース同士でお互いにリンクすると言う事だろう。
しかし、具体的な利用をしないとどういう風に使えるかわからんな。
前にも書いたように一つの遺伝子に対してその分っている特徴を知るには便利だと言う事は分る。
自分のやりたいような使い方ができるかどうかはまだなぞだ。
http://wiki.geneontology.org/index.php/GO_FAQ
に書いてあることをよく読んでみる。
習うより慣れろ。
ＧＯだらけの文章を読む事からはじめる。
ＧＯプロジェクトとは異なったデーターベースから一貫した記載要求の呼びかけである。
意味がよくわかりませんが、いろんなデーターベースがばらばらに言葉を使っていたらまとまらないけど、それを一致する言葉に統一していこうとしているのでしょうか。
ＧＯでは生物種に非依存的に３つの構造、遺伝産物に関する生物学的過程、細胞内容物、分子機能を記載する管理された語彙（Ontologies)を使って発展する。
まずは大きく３つにわけるんだな。
このプロジェクトには３つの特徴がある。
１、オントロジーそれ自体を書き、維持する。
２、貢献するデーターベース同士の遺伝子と遺伝子産物、オントロジーをクロスリンクさせる。
３、オントロジーを使う、維持する、創造するツールを発展させる。
なかなかいい心構えだ。
協力するデーターべすがGO term をつかうことで一定のクエリーがそれらにクロスすることを促進する。
コントロールされた語彙が構成されているので、異なるレベルで問う事ができる。
例えば、シグナルトランスダクションをふくむマウスのゲノムの中にある遺伝子産物をすべて見つける事ができる。また、すべてのチロシンキナーゼレセプターに照準を合わせることもできる。この構造はアノテーターに異なるレベル、もしくはどれくらい遺伝子産物について知られているかと言う事によって特徴を割り当てることができるようにしている。
まあ、時々概念が分らない言葉がたくさん出てくるが、要するに異なるレベルで異なるＧＯ ＴＥＲＭなるものを割り当てて、それらが異なるデーターベース同士でお互いにリンクすると言う事だろう。
しかし、具体的な利用をしないとどういう風に使えるかわからんな。
前にも書いたように一つの遺伝子に対してその分っている特徴を知るには便利だと言う事は分る。
自分のやりたいような使い方ができるかどうかはまだなぞだ。
