MJさむらいの実験室

昨日の夜はサッカーがあってそのまま２時過ぎ位まで寝られなかった。

最近はそんな日がおおいなあ。

今日はこの論文を斜め読みからはじめるか。

RNA. 2007 Apr;13(4):511-20. Epub 2007 Feb 5.  Links

A novel family of C. elegans snRNPs contains proteins associated with trans-splicing.

MacMorris M, Kumar M, Lasda E, Larsen A, Kraemer B, Blumenthal T.

Blumenthal T  昨日と一緒の著者。　

続けて同じ著者のほうが読みやすいかな。

Blumenthal Tはトランススプライシングの分野で精力的にがんばっている人らしい。

今回の論文は、ＳＬプロテインと新規に見つかった線虫のSL snRNPについての話。

SL75pとSL21pとそのパラログSL26pがある。
そのうちSL75pとSL21pがＳＬ１のsnRNPコンプレックスに含まれている。

SL26pは含まれていない。

しかし、SL26pはSm Yという新規のsnRNAコンポーネントに含まれている。


SL75pをノックダウンすると致死なのだが、

SL26pとSL21pを個別にノックダウンしても致死にはならず、
SL26pとSL21pを両方ともノックダウンすると致死になる。

これは機能的にSL26pとSL21pがオーバーラップしているからという事を示唆している。

SL26pとSL75pは結合するので、
SL1 RNA complex と Sm Y complexが結合していると思われる。


結局のところ、ＳＬトランススプライシングに線虫で見つかったSm Yコンプレックスが重要な働きをしているのではないかという事が言いたいらしい。


Sm ribonuclearproteins       7つの保存されたSmモチーフをもつタンパク質。SnRNＰのコアになる。


snRNPs





Birkhäuser Verlag, Basel, Switzerland) Oct 61(19-20), D. Schumperli and R. S. Pillai, The Special Sm Core Structure of the U7 snRNP: Far-reaching Significance of a Small Nulcear Ribonucleoprotein, pp2560-1570, 2004, PMID: 15526162.

U1
U2
U4
U5
 

RNA. 2007 Sep;13(9):1409-26. Epub 2007 Jul 13.

C. elegans sequences that control trans-splicing and operon pre-mRNA processing.

Graber JH, Salisbury J, Hutchins LN, Blumenthal T.

この論文は線虫のオペロン遺伝子間の配列をバイオインフォマティックに解析して、重要と思われる配列を解析している。

バイオインフォマティックで解析している部分はまったく持って理解不能。

よって分るところだけメモしとく。

線虫にはＳＬ１とＳＬ２という二つのＳＬＲＮＡがある。
（ほやには一つしかない。）
ＳＬ２は主にオペロンの下流の遺伝子のトランススプライシングを行う。
ＳＬ１はどこでもいい。

オペロンの遺伝子間のプロセシングが行われるには以下の因子が必要。

ＣＰＳＦ　Cleavage Polyadenylation Specificity

CstF Cleavage stimulation factor

SL2 snRNP   SL2 small nuclear ribonuclear protein

Ur element

U-rich element

PAS (AAUAAA)  poly adenylation signal

＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋


Common SL2 (operon) processing model
普通のオペロン遺伝子間のプロセシング。













Ｃｏｍｍｏｎ　ＳＬ１　ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ　ｍｏｄｅｌ
ＳＬ１だけのトランススプライシング。
今回の解析でOuエレメントという保存された配列が初めて見つかった。OuエレメントはUrエレメントに似ているので同じ起源の配列である事がしさされる。しかし、UrエレメントにはCstfが必要。













Large separation operon processing model
オペロン遺伝子間の距離が長い場合、ＳＬ１とＳＬ２のトランススプライシングが競合すると考えられる。
この図のほかにも、内部プロモーターが働いて、別々に転写されている事も考えられる。




















ＳＬ１－ＴＹＰＥ　Operon processing model
オペロン遺伝子間のスペースがないタイプのプロセシング。
ホヤのオペロンの大部分ははこのタイプらしいのでなんて書かれているか興味深い。
ポリＡ付加かトランススプライシングの競合が起こる。
ポリＡが先に付加されると下流遺伝子のトランススプライシングは起こりえない。
下流のトランススプライシングが先に起こると、上流の遺伝子は分解されるか、ポリＡ付加される。
ただし、上流の遺伝子がポリＡ付加されるには、ＳＬトランススプライシングによってふかされたブランチが取り除かれなければならない。

新しい学生が９月から来たのでうちのボスのテンションが上がっている。

新しい学生のテーマはユウレイボヤのＳＬトランススプライシングに関わる研究である。

そこで、ＳＬトランススプライシングの最近の論文をまとめて読もうという話が持ち上がってきた。

ボスは１７本の論文をピックアップしてきた。

みんなで手分けして読もうということだ。

僕の分担はそのうちの6本。

今週の半ばにもう一度集まって担当の論文がどうだったかを

大雑把に紹介しなければならない。

なぜか、おれはオペロンに興味があるということになってオペロンに関する論文を担当になっている。

実際のところ、まったく興味ないのだが。

ＳＬトランススプライシングという分野では、
人々はオペロンとＳＬトランススプライシングとの関係に関心を抱いているので、
どちらにしても勉強していろいろと知っておかないといけない。


まずは　C.elegans sequences that control trans-splicing and operon pre-mRNA processing

これは線虫のオペロン遺伝子のｍＲＮＡがどのようにプロセシングを受けているかという事を調べている論文。

めちゃめちゃ細かいプロセシングの事が書いてあるので勉強せなまったくわからん。